Las áreas de Control de Gestión y Proyectos de Investigación tienen misiones similares y están compuestas por ocho colaboradores en total. El área de Control de Gestión se encarga de apoyar y asegurar el cumplimiento del presupuesto de la Escuela de Ingeniería, tanto de recursos centrales como descentralizados, y de proporcionar información clave para la toma de decisiones estratégicas a largo plazo.
Por otra parte, el área de Proyectos de Investigación supervisa el cumplimiento de los proyectos de investigación aplicada, principalmente financiados por ANID y CORFO, asegurando la correcta ejecución de la normativa y de sus presupuestos, así como la rendición de cuentas ante las entidades financiadoras.